两个词都可以用来指代附录，但是在英文论文中，用法存在一定差异。

在英国英语(British English)中，通常使用“annex”来表示附录，在美国英语(American English)中则更倾向使用“appendix”一词。

因此，建议根据自己撰写的论文所适应的英语语言风格(British or American English)来选择使用“annex”或“appendix”来指代附录。无论使用哪个词语，都要在论文的目录中注明附录的存在。